Fue hasta 1895, bajo la administración del presidente Porfirio Díaz, que se retomaron con fuerza las obras del desagüe. La Secretaría de Comunicaciones y Obras Públicas supervisó el proyecto, y la compañía S. Pearson & Son fue la contratista encargada de las obras del canal entre 1896 y 1899. El proyecto constaba de tres partes principales:

Gran Canal: Con una extensión de 47.5 km, partía del barrio de San Lázaro y terminaba cerca de Zumpango, Estado de México.

Túnel de Tequixquiac: De 10.2 km de longitud, revestido en su parte superior por capas de ladrillos y en la inferior por dovelas de piedra artificial de cemento Portland y arena.

Tajo de Tequixquiac: Con una longitud de 2.5 km, fue la primera obra terminada y recibía la descarga del túnel.